1. 发表论文
公开发表学术论文70余篇，其中以第一作者或通讯作者发表50余篇。
1) 邱尔发,彭镇华,王成,等.城市绿化竹子生态适应性评价. 生态学报, 2006,26（9）：2896-2904.
2) 邱尔发, 董建文,史久西,等. 福建和浙江乡村人居林结构特征比较. 植物资源与环境学报, 2012, 21(1): 90-97.
3) 邱尔发, 董建文, 史久西,汪瑛. 闽浙乡村行道树种结构特征的比较. 林业科学研究,2011, 24(1): 110-115.
4) 邱尔发,许飞,王成,等.福建省乡村道路林种群分布及结构特征研究, 北京林业大学学报, 2012, 34(6): 68-74.
5) 邱尔发,陈卓梅,洪伟,等.不同年龄麻竹阴阳叶生态生理特性. 生态学报, 2006,26（10）：3296-3301.
6) 邱尔发, 陈卓梅, 郑郁善, 等.麻竹山地笋用林凋落物发生、分解及养分归还动态. 应用生态学报, 2005,16(5):811-814.
7) 邱尔发, 洪伟, 郑郁善, 等. 麻竹山地林配方施肥及生长调节剂对竹笋产量影响. 林业科学, 2005, 41(6): 78-84.
8) 邱尔发, 陈卓梅, 洪伟, 等. 山地麻竹林生态系统养分分配格局. 生态学报, 2004, 24(12): 2693-2699.
9) 许飞, 邱尔发, 王成, 等. 福建省不同类型乡村水岸林的结构特征. 林业科学, 2011, 47(3): 173-180（通讯作者）.
10) 唐丽清, 邱尓发, 韩玉丽, 等. 不同径级国槐行道树重金属富集效能比较. 生态学报, 2015, 35(16): 5353-5363（通讯作者）.
11) 王荣芬, 邱尔发, 唐丽清. 行道树毛白杨树干中重金属元素分布. 生态学报, 2014, 34(15): 4212-4222（通讯作者）.
2. 出版专著
独立完成和第1完成人专著各1部，作为骨干参与出版专著8部。
1) 邱尔发，董建文，许飞等.乡村人居林，中国林业出版社，2013年；
2) 邱尔发.麻竹笋用林，中国林业出版社，2007年。